국립천문대 노베야마의 괴한 침입 사건을 조사하던 나가노현경 형사 야마토 칸스케. 사건을 수사하던 중, 천문대의 파라볼라 안테나가 움직이자 10개월 전 눈사태 속 총격 피습으로 인한 왼쪽 눈의 상처에 갑자기 통증이 이는데… 그날 밤, 모리 코고로에게 형사 시절의 옛 동료 와니 형사의 전화가 걸려 온다. 나가노현 눈사태 사고의 내막을 조사하고 있던 와니는 사건 파일에서 모리 탐정의 이름을 발견, 참고 차 모리 탐정과 만나기로 한다. 약속 당일, 코난과 란도 모리 탐정을 따라 약속 장소로 향하지만 그곳에서 의문의 총성이 울려 퍼진다.

오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...

코난과 유명한 탐정 일행은 보라의 초대로 초호화 유람선 아프로디테호의 처녀 항해에 함께하게 된다. 그러나 유람선 안에서 보라는 의문의 괴한에게 공격당하고, 이는 또다른 살인 사건으로 이어진다. 연이은 범인의 음모로 아프로디테호의 승객과 승무원들은 패닉에 빠지고, 미란에게도 최악의 위기가 닥치는데...

그 정체는 수수께끼에 싸여, 각자 복잡하게 서로 얽혀있는 위험한 일가 아카이 패밀리. 라이하 고개에서 사망했다고 여겨졌던 아카이 슈이치를 중심으로 풀어지는 세라 마스미, 하네다 슈키치, 메리의 관계성. 라이하 고개에서 화려한 부활을 한 아카이 슈이치. 아카이 슈이치와 오키야 스바루의 관계를 추궁하는 아무로 토오루. 그리고 일련의 `부재 증명극` 진상의 배후에는, 코난의 모습이...

란은 신이치와 트로피컬 랜드에서 함께 보냈던 즐거운 한 때를 회상하고 있던 중 코난의 전화를 받는다. 코난에게 다시 한 번 그곳에 놀러가자고 말하지만 코난은 하필 그날 작아진 탓에 그 부탁을 들어줄 수가 없어 마음이 무겁다. 친구들과 함께 시간을 보내고 있던 코난은 근처에서 발생한 형사 저격사건을 목격하게 된다. 코난이 형사에게 범인에 관해 묻지만 형사는 오른손으로 가슴을 움켜쥐고서 숨을 거두고 마는데...

국제 정상회담 개최지 ‘엣지 오브 오션’에서 발생한 대규모 폭발 사건! 사건 현장에서 발견된 지문으로 유력한 용의자가 된 모리 코고로는 긴급 체포된다! 하지만, 이후에도 도심 곳곳에서는 원인을 알 수 없는 폭발 사건이 이어지고, 극도로 은밀히 움직이는 아무로 토오루의 기묘한 행동에 코난은 의문을 품기 시작하는데…

음악가만을 노리는 연속살인사건이 발생한다. 살해당한 사람은 모두, 고명한 전 피아니스트가 인솔한 음악 아카데미의 출신자였다. 그가 만든 음악 홀의 개장을 축하하는 첫 콘서트에 초청된 코난 일행들. 콘서트의 중심은 바하가 쳤다고 전해지는 파이프 오르간과 세계적으로 유명한 바이올린 '스트라디바리우스'의 음색, 그리고 절대음감을 가진 천재가수의 노랫소리였다. 하지만 콘서트 본방을 향해 여러가지 수상한 사건이 일어나기 시작하고... 그리고 본 공연 당일이 되어 코난 일행이 방문한 콘서트 회장이 갑자기 대폭발, 온통 화염의 바다에 휩싸이는데...

일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...