경찰에 잠입한 누군가에 의해 유출된 N.O.C리스트. 그리고 전 세계 스파이들이 연이어 제거되는 사건이 발생한다. 한편, 코난과 친구들은 새로 개장한 수족관에서 우연히 의문의 여인과 마주친다. 두 눈의 색이 다른 ‘오드아이’인 그녀는 상처투성이인 온 몸에, 자신의 이름도 기억하지 못하는 상태. 그녀가 잃어버린 기억을 되찾을 수 있게 도와 주던 코난은 심상치 않은 기운을 느끼고, FBI, 경찰, CIA가 모두 그녀를 쫓고 있음을 알게 된다. 여기에 베일에 싸여 있는 검은 조직마저도 정체를 드러내고 그 여인을 쫓는데… 잃어버린 기억 속 숨겨진 비밀을 찾아, 그들이 움직인다!

러시아 로마노프 왕조의 유산인 파베르제의 달걀 중 세기말 최후의 보물 ‘메모리즈 에그’가 발견되고, 이를 노리는 괴도 키드의 예고장이 도착한다. 그를 막기 위해 괴도 키드 특별 수사팀과 코난 일행, 서쪽의 고등학생 탐정 핫토리까지 합류한다. 신출귀몰한 괴도 키드는 모두를 따돌리며 ‘메모리즈 에그’를 훔치는 데 성공하지만, 정체불명의 누군가에게 저격당해 행방불명된다. 무사히 달걀을 되찾은 코난은 ‘메모리즈 에그’에 담긴 수수께끼를 발견한다. 달걀의 비밀을 풀기 위해 크루즈를 타고 도쿄로 향하는 코난 일행, 그러나 배 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 진실은 미궁에 빠지는데…

유명 여배우 연주리에게 괴도 키드로부터 의문의 암호와 함께 ‘운명의 보석’이라 불리는 스타 사파이어를 가지고 가겠다는 예고장이 날아든다. 코난 일행은 괴도 키드를 잡기 위해 그녀가 주연을 맡고 있는 공연장을 지키지만, 아쉽게도 놓쳐버린다. 연주리는 무사히 보석을 지켜준 답례로 코난 일행을 자신의 별장으로 초대하고, 모두 함께 탄 비행기 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 만다. 여기에 기장과 부기장도 의식 불명에 빠지면서, 조종사를 잃는 절체절명의 위기가 닥치는데… 과연 모두의 운명은 어떻게 될 것인가? 괴도키드가 진짜 노리는 것은?!

휴가를 맞아 300년 전 존재했던 해적과 숨겨진 보물의 전설이 전해지는 신해도를 찾은 코난 일행 전설 속 보물을 찾으려는 트레저 헌터(보물 사냥꾼) 중 한 명이 의문의 죽음을 당하면서 수상한 냄새를 느낀 코난 일행의 수사가 시작된다. 한편, 트레저 헌터들 중 국제적 수배를 받고 있는 위험한 인물들이 있다는 사실이 밝혀져 긴장감이 고조되는 가운데 미란과 보라가 사라지는 사건이 발생하는데…!

IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……

이지스함에 스파이 잠입 ! 란에게 닥치는 마수 ! 매우 위험한 긴급 미션 ! 타겟은 일본 전토 ! 아침 노을의 바다에 떠오르는 , 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배 . 그 배가 모든 것의 시작이었다 . 교토 마이즈루항 . 해상자위대에 의한 , 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다 . 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란, 코고로, 그리고 소년 탐정단. 그러나 갑자기 , 굉음이 울려 퍼지고 , 함내에 불쾌한 공기가 감돈다 . 이윽고 얼마 지나지 않아 , 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다 ! 그것도 , 무려 자위대원의 시체였다 ! 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다 . 수사에 나선 코난은 , 함내에 모국의 스파이 " X " 가 탐승한 것을 알게 된다 ....... 이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은 , 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다 .

갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......

높이 635m를 자랑하는 벨트리 타워의 오프닝 행사. 타워 전망대에서 절경을 즐기던 코난 일행의 눈 앞에 어디선가 날아온 총탄이 한 남자의 가슴을 꿰뚫는다! 코난은 총탄이 날아온 곳에 서있는 검은 그림자를 발견하고, 여고생 탐정 양세라와 함께 저격범을 추격하는데... 수류탄과 기관총으로 중무장한 범인을 쫓던 그들은 위기에 처한 순간 나타난 FBI 수사관 조디 일행의 도움으로 가까스로 위험에서 벗어나지만, 범인은 바다에 뛰어들어 자취를 감추고 만다

어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고 전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형 참사는 겨우 막지만 축구 경기장의 대형 전광판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다. 그리고 또 다시 도전장과 같은 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!? 축구계 전체를 둘러싼 음모와 위협 속에서 암호를 해독하고 진실을 밝혀라!